Hablando de secuencias de ADN o de su transcrito en ARN "in frame" significa "en fase". Se trata de un codón o triplete (o una secuencia de ellos) que se vana "leer" en la misma fase que otro triplete o conjunto de tripletes. El ADN y ARN es una secuencia de ácidos nucleicos que se traduce en una secuencia de aminoácidos leyéndola de tres en tres. Según dónde se empiece a leer estaremos en una fase, en otra o en otra.

Lo de "junction" (unión, empalme) no puedo saber seguro que es. Pon la frase entera, y mejor también una frase antes y otra después. Tal vez se trate de la codificación para dos proteínas consecutivas que están codificadas en la misma fase de lectura, o una secuencia de ADN que se ha insertado en la misma fase de lectura que el gen original, pero esto ya son suposiciones. Traducir tres palabras fuera de su frase es como jugar a las adivinanzas.